当我的企业主体是 A 公司，可以由我司发起合同，然后由 B 公司和 C 公司双方进行签署吗？

可以。只需要在发起合同时，添加需要签署的企业或个人为签署方即可，并为上述签署方添加相关控件，如何发起合同请参见 发起合同 文档。